El 5 de abril debutó contra Patronato en condición de visitante, comenzando perdiendo desde el minuto 2, sin embargo en la etapa final del partido, Dorlan Pabón, apareció con un doblete para terminar ganando en el debut de Copa Libertadores 2-1. El 20 de abril jugando desde el Estadio Metropolitano Roberto Meléndez, (debido a disturbios de la barra «los del sur», unos días antes en el Atanasio Girardot), logró vencer nuevamente en la Copa Libertadores, esta vez ante Melgar, con un hat-trick de Dorlan Pabón, el partido al final terminó 3-1. El próximo partido, por Copa Libertadores, el 2 de mayo, ya jugando en el Atanasio Girardot, empató 2-2 ante Olimpia, con goles de Dorlan Pabón, y Cristian Devenish, los goles del equipo paraguayo los hizo Fernando David Cardozo, y Facundo Bruera. El verde clasificó a la gran final con un gol de Jarlan Barrera en tiempo de reposición en la fecha 6 del cuadrangular frente al Deportivo Pasto en el Atanasio Girardot.
En la final se vio las caras con su clásico rival Millonarios Fútbol Club, tras una pálida final tanto en la ida como en la vuelta y el empate global 1-1, el título se definió por penales, perdiendo la tanda el equipo verdolaga con un total de 3-2. En la copa Libertadores Nacional clasificó anticipadamente a los octavos de final tras vencer 0-1 a Melgar de Perú con un gol de Danovis Banguero por la fecha 4 de la fase de grupos. En 1994, con un gol agónico de Juan Pablo Ángel, Atlético Nacional se coronó campeón de Colombia cuando disputaban la última fecha del cuadrangular final. Terminó segundo con 10 unidades, pero fue derrotado en cuartos de final por Defensor Sporting de Uruguay. En 2023 el club disputa el título de la Superliga frente al Deportivo Pereira campeón del segundo semestre de 2022, el verde se quedaría con la serie tras ganar 0-1 en la ida y 4-3 en la vuelta obteniendo su tercer trofeo de la competición. Nacional fue el mejor primero de la competición y en octavos derrotó a Huracán 4-2, en cuartos a Rosario Central 3-2 y en semifinales a São Paulo 4-1, (resultados globales), para así llegar a la final de Copa Libertadores, después de 21 años, contra Independiente del Valle de Ecuador.
Su último campeonato lo logró el 17 de noviembre de 2016 frente a Junior en la ciudad de Barranquilla, tras ganarle ambos compromisos, estos por Copa Colombia y quedar un global de 3-1 completando así 26 títulos. Se celebra en octubre o noviembre de cada año, fue instaurado por Atlético Nacional en octubre de 2006 con el fin de conmemorar a la Hinchada Verdolaga. El 3 de noviembre de 2020 el club anunció a Alexandre Guimarães como el nuevo técnico, en el apertura 2021 clasificó a los playoffs finales como líder del todos contra todos con 34 puntos quedando eliminado en cuartos de final a manos de la Equidad tras perder la ida 1-0 como visitante y empatar a 2 goles como local. Para el segundo semestre de 2019 vuelve al club Juan Carlos Osorio tras los éxitos conseguidos con el equipo entre 2012 y 2015, equipacion milan 2023 en 2020 después de la reanudación del torneo por el covid 19 la eliminación de la Copa Sudamericana ante River Plate de Uruguay empatando 1-1 en la ida y cayendo 3-1 en la vuelta y el discreto desempeño en el torneo local hicieron que Osorio dejara de ser el técnico del equipo. Logró un nuevo título al ganar nuevamente 2-0 en el global, logrando su segundo Bicampeonato en torneos cortos en su historia.