En el torneo local llegó a los cuadrangulares, pero quedó tercero en su grupo, cumpliendo una pobre presentación. Luego de una semifinal en compañía del Junior, América de Cali y Deportivo Cali, Nacional se perfilaba, junto a los «Diablos Rojos», como favorito al título. Tuvo a Julián Palacios y los hermanos Juan Padrós y Carlos Padrós como principales valedores de su creación. Las fuentes citan a Julián Palacios como primer presidente de la Nueva Sociedad, y después del Madrid F. C. (fuera o no el mismo club). Como internacional español, se proclamó consecutivamente con las categorías juveniles de la selección nacional, campeón de Europa sub-16 en 2001 y sub-19 en 2002, siendo además máximo goleador y nombrado mejor jugador en ambos torneos. Esta fue la tercera vez que Atlético Nacional logró coronarse campeón frente al América de Cali. Ganó 4 partidos y empató 2. Cabe destacar que Nacional se coronó de nuevo campeón frente al América de Cali como en 1981, luego de haberlo vencido 2-1. Ese año, en la Copa Libertadores avanzó nuevamente a las semifinales, donde de nuevo fue eliminado por Olimpia de Paraguay.
Ya en el torneo de segundo semestre, el club llegó a los cuadrangulares semifinales, pero se quedó en el camino hacia el título, después de perder dos partidos claves frente al Deportes Tolima, 1-0 en Ibagué y 1-2 en Medellín. Además ese mismo año se produjo el debut de Víctor Hugo Aristizabal, el 13 de agosto, frente al Pereira. Ese año obtiene el subcampeonato en el torneo nacional, detrás del América de Cali. Atlético Nacional, por ser el subcampeón de aquella Copa Libertadores, se enfrentó al Saprissa de Costa Rica, campeón de la Copa de Campeones de la CONCACAF 1995, en partido único, jugado en la casa de los ticos. Fue victoria para el verdolaga por 2-3, y se consagró campeón del certamen. En 1990 Atlético Nacional llegó a la semifinal de la Copa Libertadores, instancia en la que fue eliminado por el Olimpia de Paraguay, equipo al que un año antes había vencido en la final del mismo certamen. En el partido de vuelta, el resultado fue de 1-1 y el equipo del sur de Brasil se consagró campeón del certamen. En este año Nacional se coronó nuevamente como campeón de la Copa Merconorte, esta vez contra uno de sus rivales, Millonarios de Bogotá.
En 1997, disputó la Copa Interamericana que debió haberse jugado en 1996, ante la renuncia del campeón de la Libertadores de 1995, el Gremio de Porto Alegre. En octavos de final superó al Peñarol, en cuartos de final, el verdolaga se volvió a encontrar con Millonarios y tomó revancha tras la primera ronda (igual que en la Copa de 1989). La semifinal tuvo a Nacional contra el River Plate de Argentina, al cual venció 1-0 en Medellín con un gol de René Higuita de tiro libre. En 1995 logró el subcampeonato de la Copa Libertadores, luego de haber clasificado segundo de su grupo, atrás de Millonarios. El segundo encuentro, jugado el 17 de junio, terminó 2-1 a favor del equipo antioqueño con goles del delantero Carmelo Valencia y el volante Diego Toro, para de esa forma obtener el título nacional por novena ocasión. El primer partido, disputado en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá, el 16 de diciembre, finalizó 3-0 a favor de Atlético Nacional con goles de Carmelo Valencia, Sergio Galván y León Darío Muñoz. Atlético Huila. El primer partido, disputado en el Estadio Guillermo Plazas Alcid de Neiva, el 13 de junio, finalizó 1-0 a favor de Atlético Nacional con gol de Carmelo Valencia.
El 27 de julio el equipo se jugó el partido de vuelta en el Estadio Atanasio Girardot. Allí Juan Carlos Ramírez falló para Nacional, lo cual permitió a Martín Arzuaga marcar el penal decisivo que le dio la corona a Junior en el Estadio Atanasio Girardot, haciendo que la remontada fuera en vano. Al final, los rojos del Valle fueron los campeones, superando por un punto de ventaja a Nacional, camiseta ac milan 2024 que tuvo que conformarse con el subtítulo. A pesar de que Nacional había eliminado al Marítimo de Venezuela en los octavos de final, perdió en cuartos 0-1 con América de Cali en el primer partido, camiseta milan y luego pierde 4-2 en la vuelta. En la parte deportiva llegó hasta octavos de final en la Supercopa Sudamericana. En 2006 Nacional llegó hasta octavos de final de la Copa Libertadores, donde fue eliminado a manos de la Liga de Quito. La temporada siguiente, el Real Madrid agrandó su récord al ganar su decimotercera Copa de Europa, siendo el único equipo del mundo en ganarla tres veces consecutivas; y permitiendo a Zidane ser el primer entrenador en conseguir tres Copas de Europa, en tan solo tres años. Real Madrid 5-1 AC Milan. El 17 de diciembre de 1989, Nacional jugó la Copa Intercontinental contra el A. C. Milan.